BSL-3应用于临床、诊断、教学、研究、或者生产设施，在该级别中开展有关内源性和外源性病源的工作，若因暴露而吸入该病源。会引发严重的、可能致死的疾病。实验人员应在处理致病性的和可能使人致死的病源方面受过专业训练，并由对该病源工作有经验的、有资格的科学工作者监督。
所有与传染源操作有关的步骤，都在生物安全柜或其他物理遏制装置中进行，或由穿戴合适防护服及设施的实验人员进行。实验室经过特殊设计和施工。然而，应该认识到现有有些设施，不一定满足BSL-3的所有要求(即，双门进入工作区和密封问题)。在这种情况下，在BSL-2设施中开展常规操作(如，诊断程序中用于鉴定；分型、敏感性测试的病源繁殖)，其安全级别也可接受，但还需做到1)将实验室内废气排出室外；2)实验室的通风经过平衡以向室内提供定向气流；3)工作时，禁止进入实验室；4)严格遵照或使用BSL-3中推荐的标准微生物操作、特殊操作和安全设备。只有实验室主任可作出对BSL-3推荐的修订方法进行补充的决定。
以下的标准和特殊安全操作、设备及设施和BSL-3病源有关
1、 实验室要离开建筑物内的行走区，禁止随便进入实验室。
进入走道后，至少需要经过两道自动门，才能进入实验室。所有的门都应有锁(见附录F)(另发)。过道里可以设计一个更衣室。
2、每个实验室有一个洗手池，洗手池的操作应该是免接触式或全自动的，洗手池应安装在门口附近。
3、处理BSL-3病源的区域，墙面、地面、天花板应易于清洗、消毒；若有接缝，应密封；表面应光滑防水；对实验室常用化学试剂和消毒剂具有耐腐蚀性。地板应整体、防滑，建议在地板凹处使用掩蔽罩。墙面、地面、天花板都不应留有缝隙，或在设施消毒时能够密封。
4、实验台表面应能防水、耐热、耐有机溶剂、耐酸碱和用于工作台面及设施消毒的其他化学物质。
5、实验室的操作台应能承受预期的重量。实验台、安全柜以及设备间的空间便于打扫。实验室使用的椅子及其它器具，应覆盖易于清洗的非织物。
6、所有的窗门必须关闭和密封。
7、有实验垃圾处理设施及其使用方法，该设施最好设在实验室内(即，高压锅、化学消毒剂、焚烧炉、其他可行的消毒方法)。应有消毒设备使用方法。若垃圾运出实验室，应适当密封，并不应通过公共通道运送。
8、应配置生物安全柜，安全柜放置地点应远离门、房间通风百叶窗、实验室内行走区。
9、应有管道化的排气系统，该系统进入实验室的风向应从"洁净区"到"污染区"。排出的
空气不再循环至建筑物内的任何其他区域。排出的空气不需要过滤或作其他处理，但也要依所处场所的要求、特殊病源操作、使用条件而定。外部排气口要远离有人区、进风口，否则需经过HEPA过滤。实验人员必须证实进入实验室的风向是正确的。建议在实验室的入口处设置可视的监视装置，表明和证实进风的风向。要考虑安装HVAC控制系统。防止实验室持续正向增压。应安装声音报警装置，警告实验人员HVAC系统出了问题。
10、若生物安全柜至少每年经过测试和确证，则二级生物安全柜排出的、经过HEPA过滤
的空气，可进入实验室循环。当二级生物安全柜通过建筑物排气系统排出空气时，安全柜的排气管路的连结，应避免对安全柜的空气平衡或建筑物排气系统的空气平衡产生干扰(如，在安全柜排气管和排气管道间形成空气隙)。当使用三级生物安全柜时，要和排气系统直接连结。若三级安全柜和供气系统相连，应避免安全柜正向增压(见附A)。
11、会产生气溶胶的连续流离心机及其他设备应在一个装置中，该装置通过HEPA过滤器排出空气，而避免直接排入实验室中。
至少每年测试HEPA系统。另外，当远离有人区或进风口时，该设备排出的空气可以排到外面。
12、真空管路由液体消毒剂汽水阀和HEPA过滤器及类似设备保护。需要时，要更换过滤
器。另外，可以使用手提真空泵(也需要由汽水阀和过滤器正确保护)。
13、实验室内应有眼睛冲洗装置。
14、光线适宜于开展所有的工作，避免反光和闪光，以免妨碍视觉。
15、BSL-3设施的设计和操作程序必须文件化。设施必须经过测试以确证设计和操作参数
在系统运转前已达到要求。因操作经验，会修改操作程序，所以设施必须反复测试，每年至少一次。
16、若有关病源陈述(根据风险分析、场所条件、其他有关法规而定)中要求，则应采取
其他环境保护措施(如，实验人员淋浴、排出空气的HEPA过滤、其他管道设施的遏制处理、液体消毒剂的供应)。
进实验室须知:
l、进入实验室时，要穿上实验防护服，如，前襟一体或后系式大褂、干净的外套或连裤服。不得在实验室外穿防护服。 重复使用的衣服在清洗前要消毒，衣服被明显污染后应更换。
2、在处理传染源、感染动物及被污染的仪器时，必须戴手套。
3、建议经常更换手套和洗手，一次性手套不能重复使用。
4、有关传染源的所有操作、感染动物的验尸、从感染动物或胚胎卵采集组织或液体等，都应在II级或III级生物安全柜中进行。
5、当操作不能在生物安全柜中进行时，应适当的综合使用个人防护设施(如，口罩，面罩等)和物理遏制设施(如：带安全罩或密封转头的离心机)。
6、当进入内有感染动物的房间时，应采取呼吸和面部保护措施。